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在司法实践中，如何认定侵犯商业秘密罪，因对证据及法律适用方面看法不一，主要存在以下两大争议。
如何认定技术信息属于商业秘密。一方面，要看涉案的技术信息是否“不为公众所知悉”，即具有非公知性。根据《最高人民法院关于审理不正当竞争民事案件应用法律若干问题的解释》第9条规定，有关信息不为其所属领域的相关人员普遍知悉和容易获得，应当认定为“不为公众所知悉”。司法实践中对商业秘密的非公知性的认定主要依据相关鉴定意见，但需要注意的是，鉴定机构在出具该技术信息具有非公知性的鉴定意见之前，要对国内外数据库进行相关检索，以保证鉴定意见的严谨性。另一方面，要看权利人是否已采取保密措施及保密的范围和程度。保密性是指权利人对其信息采取了合理的保密措施，将该信息作为商业秘密进行管理。其大致包括两方面的内容:一是商业秘密权利人主观上必须具有保密意愿，客观上采取了保密措施。二是对商业秘密采取的保密措施应在合理范围内。即权利人所采取的保密措施足以提示一般人合理注意到商业秘密存在即可，并不要求权利人采取绝对的、极端的保密措施。
对权利人造成的损失金额如何认定。根据刑法的规定，给权利人造成重大损失是构成侵犯商业秘密罪的必备要件，但如何计算重大损失，法律并没有明确规定。特别是在某些公司账目不全，无法计算其生产成本的情况下，如何准确计算因侵权行为所获得的利润，更是实践难点。目前，司法实践中主要存在以下三种计算模式:一是侵权人的销售收入减去权利人的成本;二是侵权产品的销售收入乘以同行业的平均利润率;三是侵权产品的销售量乘以权利人被侵权前的平均销售利润。如果采用第一种计算模式，一方面由于权利人在生产过程中需要支付技术使用费、广告费等费用，其生产成本要远大于侵权人的生产成本，另一方面侵权人为了占有市场，其销售的价格有可能是权利人销售价格的一半，显然，这种计算方法不能客观反映出权利人的实际损失。如果采用第二种计算模式，一方面存在前述侵权产品销售收入过低的问题，另一方面同行业的平均利润率也难以估算，不具有可操作性。因此，笔者认为，采用第三种计算模式，即通过对权利人同期销售被侵权产品的平均销售利润进行司法审计后，再乘以侵权人销售的侵权产品数量，计算出侵权行为对权利人所造成的损失。此种计算模式既充分考虑到侵权行为的直接后果是挤占了权利人产品的市场份额，又较为准确地估算出权利人的损失数额，具有可操作性。 （编辑：小强）
